شیمی دارویی رایانه ای: روش های محاسباتی برای پشتیبانی از طراحی دارو ۲۰۱۵
In Silico Medicinal Chemistry: Computational Methods to Support Drug Design 2015

این کتاب با پوشش ابزارهای محاسباتی در طراحی دارو، با استفاده از تکنیک های شیمی اطلاعات، مدل سازی مولکولی و شیمی محاسباتی، این روش ها و کاربردهای شیمی دارویی in silico را بررسی می کند. بخش اول کتاب، روش های نمایش مولکولی در محاسبات را از نظر ساختار شیمیایی، همراه با راهنمایی هایی در مورد فرمت های رایج فایل ساختاری، پوشش می دهد. بخش دوم، دسته های متداول دیسکریپتورهای مولکولی را بررسی می کند. بخش سوم، راهنمایی برای روش های یادگیری آماری با استفاده از داده های ساختار شیمیایی ارائه می دهد، که موضوعاتی مانند جستجوی شباهت، خوشه بندی و انتخاب تنوع، طراحی کتابخانه مجازی، داکینگ لیگاند و طراحی de novo را پوشش می دهد. بخش پایانی کتاب، کاربرد روش ها را در مراحل مختلف کشف دارو، از شناسایی هدف، از طریق یافتن هیت و هیت-به-لید، تا بهینه سازی لید، خلاصه می کند. این کتاب یک مقدمه عملی به این موضوع برای محققان تازه وارد به زمینه های شیمی اطلاعات، مدل سازی مولکولی و شیمی محاسباتی است.

Covering computational tools in drug design using techniques from chemoinformatics, molecular modelling and computational chemistry, this book explores these methodologies and applications of in silico medicinal chemistry. The first part of the book covers molecular representation methods in computing in terms of chemical structure, together with guides on common structure file formats. The second part examines commonly used classes of molecular descriptors. The third part provides a guide to statistical learning methods using chemical structure data, covering topics such as similarity searching, clustering and diversity selection, virtual library design, ligand docking and de novo design. The final part of the book summarises the application of methods to the different stages of drug discovery, from target ID, through hit finding and hit-to-lead, to lead optimisation. This book is a practical introduction to the subject for researchers new to the fields of chemoinformatics, molecular modelling and computational chemistry.