مدل‌سازی ساختار سه‌بعدی ژنوم‌ها ۲۰۱۹
Modeling the 3D Conformation of Genomes 2019

این کتاب، خلاصه‌ای به‌روز از رویکردهای مدل‌سازی فیزیکی ارائه می‌دهد که بر روی داده‌های زیستی مرتبط با ویژگی‌های ساختاری کروموزوم‌ها در هسته سلول اعمال می‌شوند. فصل‌ها توضیح می‌دهند که چگونه داده‌های خام آزمایشگاهی را به ساختارهای سه بعدی تبدیل کنیم و چگونه از مدل‌ها برای درک بهتر مکانیزم‌های بیوفیزیکی کنترل‌کننده شکل کروموزوم استفاده نماییم. پوشش مطالب از فصل‌های مقدماتی تا جنبه‌های مدل‌سازی مرتبط با فیزیک پلیمر، و مدل‌های داده‌محور برای حوزه‌های ژنومی، کل ژنوم انسان، تاخوردگی اپی‌ژنوم، ساختار و پویایی کروموزوم، و پیش‌بینی ساختار سه بعدی ژنوم را در بر می‌گیرد.

This book provides a timely summary of physical modeling approaches applied to biological datasets that describe conformational properties of chromosomes in the cell nucleus. Chapters explain how to convert raw experimental data into 3D conformations, and how to use models to better understand biophysical mechanisms that control chromosome conformation. The coverage ranges from introductory chapters to modeling aspects related to polymer physics, and data-driven models for genomic domains, the entire human genome, epigenome folding, chromosome structure and dynamics, and predicting 3D genome structure.