پروتئین های فلورسنت ارتباط نزدیکی با تحقیقات در علوم زیستی دارند. مشخص کردن محصولات ژنی با پروتئین های فلورسنت، همه حوزه های علوم زیستی، از بیوشیمی پایه گرفته تا سرطان شناسی بالینی، تا تحقیقات زیست محیطی را متحول کرده است. کشف پروتئین فلورسنت سبز، اولین کاربرد آن، و توسعه نوآورانه طیف گسترده ای از پروتئین های فلورسنت با رنگ های دیگر، توسط جایزه نوبل شیمی در سال 2008 شناخته شد.
پروتئین های فلورسنت II نکات برجسته در مورد جنبه های فیزیکی، شیمیایی و بیوفیزیکی تکنیک پروتئین فلورسنت پس از تصویربرداری. این برای رفع نیازهای فیزیکدانان، شیمیدانان و زیست شناسان علاقه مند به خواص اساسی پروتئین های فلورسنت طراحی شده است، در حالی که بر کاربردهای خاص نیز تمرکز دارد. کاربردهای توصیف شده، مطالعات پیشرفته ای هستند و نشان می دهند که چگونه خواص فیزیکی و شیمیایی پروتئین های فلورسنت می تواند یافته های جدیدی را در علوم زیستی ایجاد کند.